На дне озера бьют подводные нефтяные «фонтаны». По оценкам экспертов, ежегодно из таких источников в воды Байкала попадает около шести тонн нефти. Несмотря на это, водоём остаётся чистым. С природными «загрязнениями» справляются нефтеокисляющие бактерии рода Rhodococcus — они буквально «съедают» нефть и тем самым не дают ей растекаться по озеру.
Добыча нефти на Байкале запрещена, так как может привести к экологической катастрофе. К тому же байкальская нефть труднодоступна, добывать её невыгодно.